SKUP çalışmaları iki yıllık süreçte iç ve dış paydaşların yüksek katılımıyla yürütülmüştür. Çalışma kapsamında gerçekleştirilen çalıştay, odak grup toplantıları, anket ve birebir görüşmelerde özellikle temsiliyeti düşük grupların katılımını sağlamaya özen gösterilmiştir. Çalışma süresince 220 paydaş, 25 çevirimiçi çalıştay ve diğer yöntemlerle projeye dahil edilmiştir. 

Son 6 aylık dönemde tema ve projelerin belirlenmesine yönelik çalışmalarda aktif katılım sağlayan ve sürece hakim olan 80 paydaş İBB dışından olmak üzere, toplam 160 paydaşın davet edilmesiyle 2021 yılı Nisan ve Eylül aylarında çevirimiçi çalıştaylar yapılmıştır. Bu safhadaki ilk çalıştayda katılımcılardan, SKUP kapsamında yine katılımcı süreçlerle belirlenen politika paketlerine yönelik proje önerileri alınmış, ikinci çalıştayda ise temalar altında gruplandırılan ve ana proje olarak tanımlanan 26 projeye yönelik teknik ekibin yorumları alınarak bu projelerin İstanbul’un ulaşım sistemi bakımından öncelikleri tartışılmıştır.